Dilihat dari jenisnya, bangunan-bangunan di situs Ratu Boko dibedakan menjadi bangunan-bangunan permanen dan semi permanen. Bangunan permanen antara lain dapat ditunjukkan pada struktur gapura, pagar, candi miniatur, dan lain sebagainya. Adapun bangunan semi permanen berupa batur-batur Paseban, Pendapa, dan umpak-umpak yang di atasnya dapat dipastikan terdiri dari konstruksi kayu. Jenis-jenis peninggalan yang terdapat di Ratu Boko secara garis besar dapat dibedakan menjadi dua bagian, yaitu peninggalan-peninggalan yang berupa bekas bangunan dan non bangunan. Dilihat dari tata letak dan susunannya, bangunan-bangunan di situs Ratu Boko didirikan di atas tanah lapang yang berteras. Teras pertama yang berada di bagian paling barat mempunyai ukuran luas kurang lebih 180 m x 18 m. Bagian barat dan selatan teras dibatasi oleh pagar batu, sedang bagian utara dibatasi bukit padas yang telah dibentuk sebagai dinding. Di sebelah timur teras pertama terdapat teras kedua yang terletak lebih tinggi jika dibandingkan dengan teras pertama, mempunyai ukuran luas kurang lebih 170 m x 20 m. Sebagian besar dari data non bangunan ini sekarang sudah tidak berada di tempat aslinya (in situ), tetapi sebagian sudah menjadi koleksi museum Suaka Peninggalan Sejarah dan Purbakala Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta dan Jawa Tengah, dan sebagian lagi sudah disimpan kantor kerja Proyek Pemugaran Candi di situs Ratu Boko. Sebagian dari data non bangunan ini masih dapat dilacak kembali tempat aslinya, tetapi sebagian karena tidak tereatat di dalam laporan sulit untuk dikembalikan ke tempat aslinya. Satu hal yang menarik dari situs Ratu Boko ini yaitu ditemukannya arca-arca baik yang bersifat Hindu maupun Budha. Area yang bersifat Hindu yang pemah dilaporkan antara lain : Arca Durga, Arca Ganesa, dan Garuda.