Kompleks caandi Prambanan ditemukan pertama kali dalam cacatan seorang pegawai dari VOC di Semarang yaitu C.A Lons pada tahun 1733 Masehi. Di dalamnya tertulis bahwa kompleks candi Prambanan terdiri dari tujuh puluh anak candi. Dalam catatan itu dimuat mengenai arca Durga Mahisasuramardini, Ganesa, dan juga arca berbentuk yoni. Sedangkan arca lainnya tidak ditemukan karena kondisi kompleks yang masih seperti bukit. Selain Lons, terdapat pegawai VOC lain yang juga mengunjungi candi Prambanan tepatnya pada tahun 1744 yaitu oleh Sterrenberg, dan juga pada tahun 1746 dikunjungi oleh gubernur jenderal Belanda yaitu Van Imhoff. Pada masa Gubernur Jenderal Stanford Raffles yang mana memerintahkan Kenzie untuk melakukan pengukuran kembali. Hal ini didukung oleh banyak pihak sehingga hal tersebut dilaksanakan secara berkesinambungan. Pada masa-masa seperti ini, tentunya dilakukan pengecekan dengan seksama selaku bentuk waspada. Pemugaran pertama kali ini dilakukan pada candi Siwa tahun 1918. Yang mana pada saat itu dilakukannya penelitian, dan juga pemilihan atau penyeleksian batu- batu pada candi. Pemugaran ini berlangsung lambat namun tetap berjalan. Pada tahun 1935 terjadinya perpindahan penanggung jawab yaitu menjadi V.P Van Romondt yang dibantu oleh Coolwijk, Soehamir, dan Samingung. Pada tahun ini candi yang lainnya juga ikut menjalani proses pemugaran, dan candi Apit telah selesai melewati proses pemugaran. Kemudian pada masa pemerintahan Jepang pemugaran candi ini terjadi sangat lambat.
Setelah candi Siwa selesai, maka pemugaran dilanjutkan ke candi Brahma yang dimulai pada tahun 1977. Pada saat itu banyak bagian-bagian candi yang hilang sehingga digantikan oleh batu putih untuk semestara. Dimasa awal pemugarannya dilakukan pembengkoran candi hingga tahun 1978. Setelah pembongkaran selesai dilanjutkan dengan penyusunan kembali batu candi yang diperkuat oleh beton. Ditambah lagi pemugaran dilakukan secara bertahap setiap bagian candinya. Pemugaran pada candi Brahma diawali dari bagian kaki candi yang selesai pada 1979, kemudian pada tahun 1980 telah menyelesaikan sebagain badan candi. Pada candi ini dilakukan juga tahap pengolesan araldite ter dan montar guna mencegah proses penggaraman akibat pegunungan semen. Pada tahun 1982 dilaksanakannya pemugaran badan candi tahap kedua hingga tahun 1984. Kemudian pada tahun 1985 pemugaran mulai dilakukan terhadap atap candi. Pemasangan kemuncak pada atap candi dilakukan pada tahun 1986 yang mana diterapkan oleh Direktur Linbin Jarah. Begitupun dengan pagar dan gapura pintu masuk dipasangkan pada akhir pemugaran ini. Candi selanjutnya adalah candi Wishnu yang mana dapat dilihat bahwa candi ini sempat dijadikan percobaan oleh Belanda yaitu pada tahun 1982 yaitu dengan melakukan pembongkaran susunan batu pada kaki candi. Pada tahun 1983 mulai dilakukannya pemugaran terhadap lantai dan kaki candi, lalu dilanjutkan pada badan candi dan dapat diselesaikan dalam kurun waktu dua tahun. Kemudian pada tahun 1986 dilanjutkan kembali pemugaran badan canti tahap kedua. Dan pada tahun 1990 dilakukannya pemugaran pada bagian atap candi. tidak hanya tiga candi utama yang diberlakukannya pemugaran, tetapi candi Wahana juga melakukan pemugaran yang mana dilakukan pada tahun 1991 hingga 1993.
Dalam keadaan runtuh dan tertimbun tanah. Oleh karena itu, candi Prambanan memiliki banyak batu-batu tiruan untuk menggantikan batu-batu yang rusak juga untuk menyempurnakan bentuk bangunan, begitu juga untuk candi Apit, candi Kelir, dan candi Sudut yang mana batu pada candi-candi tersebut banyak yang hilang. Kemudian pada tanggal 20 Februari 1993, seluruh komplek candi Prambanan secara resmi dinyatakan selesai dipugar dan diresmikan oleh Bapak Soeharo. Setelah dilakukannya pemugaran seperti yang dijelaskan di atas, guna menjaga kompleks candi Prambanan agar tetap lestari maka dilakukannya konservasi. Pada candi dipasang berbagai material yang dapat menjaga candi seperti pelindung penangkal petir, batu yang dapat meredam suara dan air, agar candi tidak mudah rusak, ditambah lagi komples candi Prambanan ini dijadikan sebagai tempat wisata, sehingga penjagaan dan perawatan harus dilakukan dengan baik