Candi Apit terletak diantara kedua deretan candi-candi besar di dekat pintu gerbang sebelah utara dan selatan pada halaman utama. Candi Apit ialah dua candi yang saling berhadapan, yang mana pada bagian utara pintunya menghadap ke selatan, dan yang terletak pada bagian selatan pintunya menghadap ke utara. Candi ini sudah melalui tahap pemugaran, juga sudah banyak bagian candi yang diganti sehingga hanya sedikit ragam rias yang masih ada. Beberapa hiasan pada candi ini hampir mirip dengan candi-candi utama, seperti adanya motif prambanan walaupun hanya gambar singa dalam relung tanpa diapit oleh kalpataru. Selain motif prambanan, pada candi apit ini juga terdapat relief wanita yang merupakan seorang dewi karena memiliki sirascakra, namun identitas dewi ini belum diketahui. Atap candi Apit lebih ramping daripada atap candi yang lain, atapnya terdiri dari tiga tingkatan, yang mana pada tingkatan ketiga langsung terdapat kemuncak berupa amalaka tinggi yang memanjang dengan juga amalaka sebanyak 45 buah.