Secara Hirarkisnya, Pemerintah Indonesia memberikan wewenang kepada Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan melalui Direktorat Pelestarian Cagar Budaya dan Permuseuman untuk mengelola Kawasan Kearton Ratu Boko terutama dari sisi perlindungan dan pelestariannya. Wilayah kerja BPCB Yogyakarta adalah mencakup seluruh wilayah Daerah Istimewa Yogyakarta yang terdiri empat Kabupaten dan satu kota. Kantor BPCB DIY beralamat di Jl. Solo Km 15 Bogem, Kalasan, Sleman. Dalam pengelolaannya, semua kegiatan atau perubahan yang dilakukan di Zona 1 atau di zona lain yang terdapat atau diduga terdapat tinggalan cagar budaya harus berkoordinasi dan mendapat ijin dari BPCB Yogyakarta. Dalam mengelola Kawasan Keraton Ratu Boko, BPCB tidak memperoleh pendapatan langsung dari Taman Wisata Keraton Ratu Boko, namun mendapatkan dana pengelolaan secara tidak langsung melalui Direktorak Pelestarian Cagar Budaya dan Permuseuman sebesar 500 juta/tahun untuk perlindungan dan pelestariannya. Pada awal dikelolanya, Kawasan Keraton Ratu Boko sebagai objek wisata dan dimasukkan dalam otoritas PT. TWC BPRB, telah dilakukan studi kelayakan oleh Puspar UGM.
Studi kelayakan itu salah satunya merekomendasikan pembagian tiga zona pengembangan pariwisata di Kawasan Keraton Ratu Boko. Namun sesudah itu mereka tidak terlibat secara formal dalam pengelolaanya. Kalangan Perguruan Tinggi juga menjadi salah satu stakeholder dalam pengelolaan Kawasan Keraton Ratu Boko. Namun pasrtisipasinya terbatas pada pemanfaatan kawasan kegiatan akademis, seperti Jur Arkeologi UGM yang menjadikan Kawasan Keraton Ratu Boko sebagai tempat untuk Prakterk ekskavasi maupun Pemugaran, dan FIP UNY menjadikan Kawasan Keraton Ratu Boko sebagai Laboratorium Alam. Seperti yang dilakukan Universitas Pembangunan Nasional “Veteran” Yogyakarta juga memanfaatkan Taman Wisata Keraton Ratu Boko sebagai laboratorium alam dalam Olimpiade dan Jambore Kebumian Nasional, serta banyak Perguruan Tinggi lain yang memanfaatkan untuk kepentingan akademis mereka. Adapun pihak lain yang terlibat secara tidak langsung adalah masyarakat lokal.