Dalam pengelolaan kawasan Keraton Ratu Boko, berbagai pihak terlibat sesuai dengan kepentingannya masing-masing, yang bisa dikategorikan sebagai stakeholder yang terlibat langsung dalam pengelolaan, dan pembedaan ini didasarkan pada tingkat partisipasinya dalam pengelolaan kawasan. Pengelolaan Kawasan Keraton Ratu Boko terutama area Taman Wisata melibatkan berbagai stakholder yang keterlibatannya berbeda-beda, bisa secara langsung maupun tidak langsung. Dari berbagai stakeholder yang ada, otoritas pengelolaan yang paling besar berada ppada Balai Pelestarian Cagar Budaya Yogyakarta dan PT. Taman Wisata Candi Borobudur, Prambanan, dan Ratu Boko Unit Taman Wisata Ratu Boko. Stakeholder lain yang terlibat secara langsung dalam pengelolaan Kawasan Keraton Ratu Boko terutama di luar Taman Wisata adalah Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Kabupaten Sleman dan Pemerintah Desa Bokoharjo dan Desa Sambirejo. Pihak yang mempunyai wewenangan penuh atas seluruh Cagar Budaya di Kawasan Taman Wisata Keraton Ratu Boko terutama di Zona 1 dan Cagar Budaya lain di sekitarnya yakni BPCB Yogyakarta.