Kawasan Keraton Ratu Boko untuk keperluan pelestarian oleh BP3 (sekarang BPCB) dibagi dalam tiga mintakat (Ramafriani, 2011) yaitu :
- Mintakat 1 (Mintakat Inti) meliputi seluruh situs sebagai Cagar Budaya yang akan dilindungi dan dipelihara, yang luasnya ± 24 Ha.
- Mintakat 2 (Mintakat Penyangga) diperuntukan bagi pengembangan kegiatan serta fasilitas wisata dengan peraturan dan pembatasan tertentu dengan luas ± 100 ha,
- Mintakat 3 (Mintakat pengembangan) memiliki luas ± 500 ha meliputi area dengan memperkirakan area pengaruh dari pengembangan situs Boko.
Demikian juga dalam pengelolaan pariwisata berdasar Rencana Induk Pengembangan Kawasan Ratu Boko, Kawasan Keraton Ratu Boko dalam pengembangannya terbagi ke dalam 3 zona yaitu Zona 1 atau Zona inti, Zona 2 atau Zona penyangga, dan Zona 3 atau Zona pengembangan. Zona 1 atau Zona inti merupakan zona tempat keberadaan reruntuhan bangunan, gerbang, kolam, dan gua. Kawasan Zona 1 sepenuhnya masuk kedalam pengelolaan yang berada di bawah wewenang Balai Pelestarian Cagar Budaya Yogyakarta. Zona 2 atau Zona penyangga berada mengelilingi kawasan Zona 1, meliputi Kawasan Bukit Ratu Boko Barat, lereng sisi Barat, lereng sisi Selatan, lereng sisi Timur dan Lereng sisi Utara. Kawasan pada zona 2 ini masuk dalam Kompleks Taman Wisata Keraton Ratu Boko menjadi wewenang dan dikelola oleh PT. Taman Wisata Candi Borobudur, Prambanan dan Ratu Boko. Di Zona 2 ini PT. TWC BPRB membangun berbagai fasilitas pariwisata. Namun PT. TWC BRPB tidak mempunyai wewenangan mengelola kawasan yang berasa di luar Taman Wisata, meskipun berada di zona 2. Pada zona 3 atau Zona pengembangan, berada di luar Zona 1 dan Zona 2, di sebelah Utara di batasi Sungai Opak, sebelah Timur di batasi oleh Dusun Pereng, dan sebelah Selatan di batasi oleh jalan di dekat PDAM. Zona 3 yang berada di sebelah Barat berada di bawah wewenang Desa Bokoharjo dan yang ada di sebelah Timur di bawah wewenang Desa Sambirejo Kecamatan Prambanan Kabupaten Sleman.
Pembagian Zona di Kawasan Keraton Ratu Boko yang masih mengacu kepada pembagian zona yang dilakukan dalam perencanaan di awal pemanfaatan maupun pembagian zona pelestarian seharusnya sudah harus ditinjau ulang kembali, mengingat di Zona 2 juga masih banyak ditemukan tinggalan purbakala berupa fitur-fitur yang keberadaannya sangat rentan kerusakan. Selain itu, pembagian zona yang hanya menjadi 3 zona sudah kurang sesuai dengan UU No. 11 Tahun 2010 tentang Cagar Budaya. Dalam UU No. 11 Tahun 2010 tersebut, pada pasal 73 ayat (3) disebutkan bahwa sistem zonasi dapat terdiri dari Zona Inti, Zona Penyangga, Zona Pengembangan, dan/atau zona penunjang, meskipun kata dan/atau bisa memberikan tafisran bahwa pembagian zona hanya bisa menjadi 3 zona, dapat pula menjadi 4 zona. Dijelaksan bahwa Zona Inti adalah area perlindungan utama untuk menjaga bagian terpenting cagar budaya. Zona Penyangga adalah area yang melindungi zona inti. Zona Pengembangan adalah area yang diperuntukkan bagi pengembangan potensi cagar budaya untuk rekreasi, daerah konservasi lingkungan alam, lanskap budaya, kehidupan budaya tradisional, keagamaan, dan kepariwisataan. Terakhir, Zona Penunjang adalah area yang diperuntukkan bagi sarana dan prasarana penunjang serta untuk kegiatan komersial dan rekreasi umum.