Situs Keraton Ratu Boko merupakan potensi budaya peninggalan kepurbakalaan yang memiliki perbedaan dari peninggalan kepurbaklaan yang lain. Pada situs ini, candi yang ada tidak seperti candi-candi yang biasa dikenal atau ditemui oleh masyarakat umum. Keunikan situs Keraton Ratu Boko dapat dilihat dari beebrapa kelompok bangunan, yaitu:
- Kelompok barat merupakan perbukitan batu kapur (breksi pumis) dengan luas lebih dari 2 ha.
- Kelompok tengah merupakan kumpulan bangunan yang berupa gapura, alun-alun, candi pembakaran, kolam, susunan umpak batu, dan paseban
- Kelompok tenggara merupakan kumpulan bangunan yang terdiri dari pendopo, balai-balai, tiga candi kecil, kolam, dan keputren
- Kelompok timur yang terdiri dari banunan gua wadon, gua lanang, kolam, area buddha, dan gua sebelah timur keputren
Dilihat dari peninggalan arkeologi yang ada, maka situs Ratu Boko mempunyi corak dan karakter tersendiri jika dibandingkan dengan peninggalan arkeologi lainnya di Indonesia. Di situs ini, keunikannya terdapat dibeberapa bangunan yang menunjukkan pola kehidupan pusat pemerintahan yang meliputi gapura utama, candi, kolam batur, gua, paris, pagar, dan alun-alun. Di sekitarnya, situs Ratu Boko merupakan kawasan perbukitan batu gamping yang terususun secara alamiah sehingga memiliki keunikan sendiri. Keraton Ratu boko memiliki batas lokasi yang unik pula dengan bagian utara dan timur dibatasi oleh suatu tebing terjal dan ngarai luas, sedangkan pada bagian barat dibatasi oleh bukit anakan dan sungai Opak.