Candi Gedong II diketahui terletak di ketinggian 1264.64 mdpl. Memiliki jarak sekitar kurang lebih 227 m arah barat laut dari Candi Gedong I, dengan ukuran panjang 5.84 m dan juga lebar sekitar 5.40 m. Candi ini terdiri atas: kaki, tubuh, dan juga atap. Pada bagian candinya memiliki alas yang ukurannya rendah, yang terbentuk dari susunan bingkai-bingkai padma dan bentuknya rata. Pada bagian kakinya ini terdapat tangga masuk yang mengarah pada ruang utama bangunan candi. Sedangkan di badan candinya terdapat relung luar yang menonjol dengan hiasan kala dan makara. Bagian atapnya bertingkat tiga dengan setiap sisinya ini terdapat hiasan dua antefik dan juga satu antefik tengah yang ukurannya ini lebih besar dari antefik yang lainnya.