Mengakhiri Konfrontasi dengan Malaysia
Ali Moertopo bertugas dalam suatu badan yang bernama Operasi Khusus (Opsus). Opsus merupakan operasi intelijen yang bertugas untuk mengakhiri konfrontasi dan melaksanakan proses normalisasi hubungan antara Indonesia-Malaysia. Ali Moertopo bertugas secara langsung bersama Benny Moerdani dan Sugeng Djarot yang masuk ke Malaysia untuk mengadakan pembicaraan lebih lanjut dengan para petinggi Malaysia mengenai penyelesaian konfrontasi (Tim CSIS, 2004: 16-17). Ali Moertopo merupakan seorang perwira yang memiliki latar belakang yang luas dalam tugas intelijen, termasuk tugas-tugas politik yang bersifat terobosan. Upaya-upaya untuk mengakhiri konfrontasi berhasil dilakukannya yang ditandai dengan terjadi kesepakatan normalisasi hubungan antara pihak Indonesia dengan Malaysia pada 11 Agustus 1966. Kesepakatan yang dilaksanakan di Ruang Pancasila, gedung Departemen Luar Negeri tersebut secara resmi menandai berakhirnya konfrontasi Indonesia-Malaysia.